Estudo realizado pelo WWF-Brasil em parceria com ONGS que atuam no Pantanal brasileiro mostra que a planície inundável, onde está o Pantanal, ainda está bem conservada, com 86,6% da sua cobertura vegetal natural. A situação é bem diferente na parte alta da bacia hidrográfica, onde apenas 41,8% da vegetação natural permanecem com sua formação original.
O estudo denominado Monitoramento das Alterações da Cobertura Vegetal e Uso do Solo na Bacia Alto Paraguai foi realizado por um consórcio de ONGs, entre elas o WWF-Brasil. O objetivo do estudo lançado em maio de 2010 foi fazer uma análise detalhada das mudanças de cobertura vegetal e uso do solo, ocorridas na Bacia do Alto Paraguai no período de 2002 a 2008.
O mapa também registrou um percentual maior de desmatamento no planalto da BAP. De 2002 a 2008, o lado brasileiro da BAP, onde está o Pantanal, teve uma perda de 4% de sua vegetação natural, contra 2,4% da planície.
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